水稻種子的浸種一般在常溫條件下，需要5—7天，累計積溫80—100℃,浸種缸最好放在屋里，浸種水一定要清潔，不要把鍋或容器里的油帶進種子里，浸種和消毒應結合在一起，殺死惡苗病病菌及其他種子所帶的病菌，現在普遍用的藥劑有10％的咪鮮胺乳油、使百克、施保克效果都比較好，浸種時先把藥放進缸里攪拌均勻，再把種子散放缸內，不要整袋裝缸，以防止藥的成分不能均勻地附著種子表面，達不到殺菌的效果，如果品種多，怕混雜的話，種子要裝進網袋里，網袋最好要寬松，水要完全淹沒種子，以達到浸種消毒效果。
吸足水分的種子，谷殼半透明，腹白分明可見，胚部膨大突起，胚乳變軟，手捻成粉，種子折斷無響聲。浸種時間應充分，不是浸種時間越長越好，浸種時間過長會使種子內部可溶物外滲，使種子養分流失，甚至種子在水中發芽。
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